Предметом прикладной кинезиологии является дисбаланс в любой системе организма, который может быть следствием функциональных расстройств, но может отражать и структурные органические нарушения и заболевания. Этот дисбаланс проявляется своеобразной мышечной слабостью (но не парезом), в связи с чем, мануальное мышечное тестирование - основной диагностический и контролирующий метод. Эта мышечная слабость отражает дезорганизацию нервной системы - дезорганизацию нейромышечного обеспечения и регуляции системы движения.
В свете этого прикладная кинезиология рассматривается как функциональная неврология. Следствием нейрорегуляторного дисбаланса, в первую очередь, оказывается биомеханический дисбаланс, нарушения акта ходьбы, изменения взаиморасположения элементов позвоночного двигательного сегмента в области межпозвонкового отверстия крыльев таза и крестца, нарушения работы диафрагм (грудобрюшная диафрагма, тазовое дно, верхушка легких и др.) и т.д.